No princípio eram as Semanas Missionárias, uma iniciativa lançada pelos Missionários da Boa Nova. A missão passou por ali, anos a fio. Em 1982, os pais desta iniciativa que já atingia toda a Igreja em Portugal, decidiu confiar á Conferência Episcopal a organização do evento. Como não podia deixar de ser, a CEP aceitou o desafio e coube à Comissão Episcopal de Missões (com as Obras Missionárias Pontifícias) a organização das Semanas até 1997, sempre com o apoio da Comissão Missões da CNIR e da FNIRF. Até que se concluiu que era urgente mudar o formato. Uma semana era demais para a maioria das pessoas que se pretendiam juntar ali. E, em 1998, a iniciativa mudou de nome e de formato. Passou a começar á sexta à noite para terminar na tarde de domingo. E o nome apareceu a condizer: Jornadas Missionárias Nacionais.

As Jornadas Missionárias Nacionais têm vindo a impor-se, progressivamente, no panorama dos eventos nacionais, a nível da Igreja. Basta reparar que, nas duas últimas edições, ultrapassou largamente as cinco centenas de participantes, com uma alta percentagem de jovens, muitos deles acabados de fazer missões em tempo de férias.